Akcja Classroom☆Crisis osadzona jest w niedalekiej przyszłości, w której ludzkość skolonizowała układ słoneczny. Historia rozgrywa się na Marsie, gdzie korporacja Kirishina prowadzi elitarną akademię dla uzdolnionych studentów-inżynierów, pracujących równocześnie nad ambitnymi projektami rozwoju technologii kosmicznych. W centrum wydarzeń znajduje się grupa uczniów oraz ich charyzmatyczny nauczyciel-inżynier Kaito Sera, którego celem jest stworzenie nowoczesnego wehikułu kosmicznego. Gdy korporacja postanawia ograniczyć finansowanie ze względu na cięcia kosztów, szkolnej drużynie grozi likwidacja. Dodatkowo nowy uczeń Nadayuki Nagisa, reprezentujący interesy firmy Kirishina, stawia przed grupą trudne do spełnienia warunki. Młodzi inżynierowie będą musieli wspólnymi siłami zmierzyć się z kryzysem, udowodnić swoją wartość oraz pokonać korporacyjne intrygi. Classroom☆Crisis łączy elementy dramatu szkolnego, komedii oraz science fiction, tworząc lekką, inspirującą opowieść o młodzieńczych marzeniach i walce z przeciwnościami losu.