Vatican Miracle Examiner (jap. バチカン奇跡調査官, Vatican Kiseki Chōsakan) opowiada historię dwóch niezwykłych duchownych, Josefa Kō Hiragi oraz Roberta Nicholasa, pracujących w tajemniczej watykańskiej organizacji zwanej Siedzibą Świętych. Ich zadaniem jest naukowe badanie rzekomych cudów, mające na celu odróżnienie prawdziwych boskich zjawisk od mistyfikacji. Akcja serii rozgrywa się w różnych zakątkach świata, gdzie bohaterowie trafiają na liczne zagadkowe i mroczne przypadki morderstw powiązanych z badanymi cudami.
Hiraga, genialny naukowiec i matematyk, oraz Nicholas, ekspert w dziedzinie teologii i starożytnych języków, często muszą mierzyć się z problemami znacznie poważniejszymi niż same cuda. W trakcie śledztw odkrywają oni istnienie antycznej organizacji Galdoune, od wieków starającej się potajemnie zdobyć kontrolę nad Watykanem. Seria łączy klimat mrocznego thrilleru z elementami nadprzyrodzonymi, snując opowieść o wierze, nauce i odwiecznym starciu dobra z ukrytymi siłami zła.