Dwie młode czarownice, Chocolat Meilleure i Vanilla Mieux, zostają wysłane z Magicznego Świata do świata ludzi, gdzie muszą zdobywać serca chłopców, aby rywalizować o tytuł królowej. Przyjaźnią się od najmłodszych lat, ale w nowym otoczeniu ich losy zaczynają iść w różnych kierunkach – pewna siebie i lubiana wśród czarodziejów Chocolat ma trudności z podbijaniem ludzkich serc, podczas gdy nieśmiała i skromna Vanilla zdobywa ogromną popularność. Pomagani przez swoich zwierzęcych towarzyszy oraz mentora Rockin Robina, dziewczęta starają się odnaleźć w ludzkiej szkole, zachowując przy tym swoją przyjaźń. Jednak pojawienie się tajemniczego Pierre’a wprowadza zamęt w ich relacje, każąc każdej z nich na nowo przemyśleć własne cele i uczucia. „Sugar Sugar Rune” to magiczna opowieść o rywalizacji, dojrzewaniu i sile przyjaźni, utrzymana w lekko humorystycznym i ciepłym tonie.
