Anime „Gene Diver” to drugi tytuł z serii Virtual Trilogy. Połączenie animacji i realistycznych scen. Stacja Wirtualna to laboratorium badające DNA. Dzięki leżącym tam informacjom, starożytny świat został praktycznie zrekonstruowany. Yui, jedna z Gene Divers, wchodzi do wirtualnej przeszłości, aby zbierać DNA zwierząt, które wyginęły w rzeczywistości.
Pewnego dnia dochodzi do incydentu. Yui próbuje opuścić wirtualny świat podczas cyklu konserwacji, ale zamiast wrócić do rzeczywistości, przenosi się do nowego wirtualnego teraźniejszego. W tym nowym świecie, stworzonym przez teraz niekontrolowany system, istnieje inteligentny gatunek wyewoluowany z gryzoni, zwany puglaistig. Widzą oni w człowieku poważne zagrożenie i robią wszystko, aby powstrzymać ewolucję ludzkości.