„Ghost Messenger” to anime o agentach supermocy z podziemnego świata zwanego Światem Śmierci. W tym cyfrowym świecie, pełnym nowoczesnych technologii, kontroluje się życie oraz śmierć wszystkich żywych istot za pomocą zaawansowanych systemów. Nasz bohater, Ghost Messenger Kang-lim, jest wysyłany do świata ludzi, by złapać duchy, które nie chcą przejść do Świata Śmierci, mimo że nadszedł ich czas. Podczas misji dochodzi do niespodziewanego zdarzenia i Kang-lim zostaje uwięziony we własnym telefonie komórkowym. Następnie, telefon znajduje mały chłopiec o niezwykłych zdolnościach duchowych, który uwolnia Kang-lima. Tak rozpoczyna się ich przygoda.