„Gundam: G no Reconguista” toczy się tysiąc lat po przygodach legendarnych pilotów takich jak Amuro Ray i Char Aznable. Ziemia, kiedyś obszar gorących konfliktów, jest teraz w dużej mierze opuszczona, a ludzkość zdecydowała się na życie w koloniach kosmicznych i na powierzchni księżyca. Bellri Zenam, student Akademii Straży Stolicy, żyje spokojnym, akademickim życiem, które jednak przerywa schwytanie pirackiej pilotki, Aidy Surugan i jej mobilnego stroju G-Self. Bellri odkrywa, że potrafi pilotować G-Self i zostaje wciągnięty w konflikt z radykalną frakcją „Straży Stolicy”. Bellri i Aida dołączają do załogi statku kosmicznego Megafauna, aby przeciwstawić się Straży Stolicy i jej tajemniczym liderom.