Sezon drugi „Hakkenden: Touhou Hakken Ibun” kontynuuje podróż w poszukiwaniu ośmiu świętych klejnotów. Sousuke i Shino przemierzają świat, a ich misję zaciemniają mroczne intrygi Imperialnego Kościoła i tajemnicza kobieta, która snuje swój własny, mroczny plan z klejnotami w centrum. Złożone zależności Ao, sobowtóra Sousuke, wychodzą na światło dzienne, wprowadzając zupełnie nowy wymiar do ich misji. Który z nich ostatecznie posiądzie klejnoty?