Akcja filmu „High School Fleet Movie” rozgrywa się w alternatywnej rzeczywistości, w której, ze względu na podnoszący się poziom wód, ludzkość przeniosła się na morza. Życie na oceanach zależy od młodych dziewcząt pełniących służbę na okrętach, na których uczą się i dorastają. Główna bohaterka, Akeno Misaki, wraz ze swoimi koleżankami kontynuuje naukę w szkole morskiej Blue Mermaids, marząc, by pewnego dnia zostać pełnoprawnymi strażniczkami morskiego bezpieczeństwa.
Gdy na morzu ponownie pojawia się tajemnicza groźba, Akeno i załoga okrętu „Harekaze” muszą stawić czoła nowym wyzwaniom, które przetestują ich przyjaźń, determinację i profesjonalizm. Zanurzone w realistycznych szczegółach wojskowo-morskich starć, dynamiczne i pełne emocji wydarzenia przeplatane są elementami humorystycznymi oraz wzruszającymi scenami ilustrującymi silne więzy między członkiniami załogi. Film stanowi kontynuację popularnej serii „High School Fleet”, łącząc w sobie powagę marynistycznej tematyki z lekkim i ciepłym ukazaniem życia dziewcząt na morzu.
