„Hyakka Ryouran: Samurai Girls” to anime, które przenosi nas w scenerię fantastycznej Japonii. Kraj ten prosperuje pod ochroną tajemniczych strażników nazywanych mistrzami samurajów. Młody samuraj, Muneakira Yagyuu, pojawia się w Buou Academic School na polecenie rady uczniów. Szkoła ta, prowadzona przez szogunat Tokugawa, kształci dzieci wojowników, przygotowuje je do prowadzenia kraju. Podczas pierwszej wizyty Muneakira zostaje wplątany w poważną walkę, w trakcie której zjawia się tajemnicza dziewczyna o imieniu Juubei Yagyuu. Po tym, jak pocałuje ona Muneakiri, budzi w sobie nieznany dotąd moc. Muneakira musi dowiedzieć się, kim jest ta dziewczyna i jakie tajemnice kryje moc Mistrza Samuraja, aby móc chronić swój kraj.