Akcja anime rozgrywa się we Francji podczas wojny stuletniej, gdzie brutalne walki między Anglią a Francją pochłaniają niezliczone istnienia. Młoda czarownica o imieniu Maria, obdarzona potężnymi zdolnościami magicznymi, gardzi wojną i postanawia za wszelką cenę przywrócić pokój. Używając swojej magii, próbuje przerywać bitwy, co szybko ściąga na nią uwagę Kościoła i niebios. Z powodu jej ingerencji w naturalny porządek ludzkiego świata, Maria zostaje ostrzeżona przez aniołów – jeżeli straci swoje dziewictwo, straci również swoje magiczne moce.
Junketsu no Maria jest anime o charakterze fantastyczno-historycznym, łączącym dramat i komedię. Opowiada o pragnieniu pokoju, zderzeniu tradycji z indywidualnymi przekonaniami oraz o osobistej walce bohaterki z narzuconymi regułami i ograniczeniami. W tle politycznych i religijnych konfliktów poruszane są tematy moralności, wolności wyboru i dorastania.
