„Kagaku Ninja-tai Gatchaman F” to emocjonująca kontynuacja serii, w której drużyna naukowych ninja musi ponownie zmierzyć się z groźbą unicestwienia Ziemi. Po śmierci Andersona, dr. Nambu staje na czele ISO, a drużyna przenoszą się do podwodnej bazy Gallatown. W tym samym czasie egzekutor Z wraz z rodziną Egobossler krzyżują im drogę, planując zniszczyć Ziemię za pomocą antymaterii spakowanej w asteroidzie o kryptonimie „Poison Apple”. Ken, lider zespołu, otrzymuje nową broń – „Gatchafencer”, jednak jego zdrowie jest zagrożone przez promieniowanie powodowane przez ciągłe korzystanie ze specjalnego trybu zwanego Hypershoot. „Kagaku Ninja-tai Gatchaman F” to opowieść o heroizmie, ofiarności i niezłomnym duchu walki.