„Kage kara Mamoru!” to historia o Kagemori Mamoru – z pozoru niepozornym chłopcu o niechlujnych włosach i w grubych okularach. Nie wiadomo jednak, że jest on potomkiem rodziny ninja, która od 400 lat tajemniczo chroni swoich sąsiadów, rodzinę Konnyaku. Mamoru osobiście pilnuje córki z tej rodziny, Konnyaku Yuuna, od przedszkola. Gdy Yuuna jest w niebezpieczeństwie, Mamoru przebiera się w strój ninja i zmienia w doświadczonego wojownika, gotowego na jej ochronę.