„KanColle Movie” to historia uratowanego niszczyciela Mutsuki-class, Kisaragi. Gdy obcy flotylia Abyssal nadal zagraża ludzkości, ostatnia nadzieja to Kanmusu – dziewczyny obdarzone duchami japońskich okrętów wojennych. Odkrywają one, że Kisaragi żyje, ale jest nieprzytomny, dryfujący na powierzchni morza. Jednak jej anomalia i dziwne zachowanie budzą niepokój. Ponadto, inne okręty zaczynają słyszeć tajemnicze głosy i napotykają na czerwone wody, które niszczą ich sprzęt. Tylko Fubuki, okręt dowodzący niszczycieli klasy Fubuki, wydaje się niezniszczalny. Dziewczyny muszą stawić czoła niezwykłym wydarzeniom, odkrywając surową rzeczywistość ich istnienia i floty Abyssal. Muszą nadal iść naprzód, aby wyzwolić morze i chronić tych, których kochają najbardziej.