„Kanojo ga Flag wo Oraretara” to historia licealisty Souty Hatate, który posiada niezwykłą zdolność widzenia nad głowami ludzi wydarzeń, które mogą odwrócić bieg ich życia. Dzięki temu potrafi zapobiegać pewnym wydarzeniom, na przykład śmierci. Po załamaniu się po wypadku, w którym był jedynym ocalałym, Souta zaszczepił w sobie przekonanie, że przynosi pech tym, którzy są blisko niego. Wszystko zaczyna się jednak zmieniać po przeniesieniu do nowej szkoły, gdzie spotyka nowych przyjaciół i odkrywa tajemnice swojej zdolności, na które nie zdawał sobie wcześniej sprawy. Jedna z jego nowych znajomych, Nanami Knight Bladefield, pomimo zaistniałych okoliczności, obiecuje pozostać u jego boku.