Souta Hatate posiada niezwykłą i niepokojącą moc – jest w stanie dostrzec nad głowami ludzi metaforyczne „flagi”, które symbolizują ich życiowe punkty zwrotne oraz zbliżające się nieszczęścia. Po ciężkim przeżyciu z przeszłości postanawia unikać zawierania bliższych znajomości, by chronić innych przed tragedią. Jednak kiedy rozpoczyna naukę w nowej szkole, jego samotnicze plany szybko zostają przekreślone przez grupę wesołych i ekscentrycznych dziewczyn, które z determinacją starają się dotrzeć do jego skrywanego serca. Z jednej strony Souta chce chronić przyjaciół, unikając przełamywania ich flag, z drugiej zaś stopniowo odkrywa, że kluczem do zmiany ich losu może być właśnie nawiązanie szczerych relacji. Kanojo ga Flag wo Oraretara to pogodna komedia romantyczna pełna absurdalnych sytuacji, uroczych bohaterów oraz nutki fantastyki, która podkreśla wagę przyjaźni, miłości i przełamywania własnych barier.

