Akcja „Kizuna no Allele” rozgrywa się w świecie, gdzie wirtualni artyści stali się integralną częścią kultury popularnej oraz życia codziennego. Główna bohaterka, młoda dziewczyna o imieniu Miracle, podziwia znaną na całym świecie wirtualną artystkę Kizunę Ai i pragnie pójść jej śladami. Zdeterminowana, aby stać się profesjonalną wirtualną idolką, Miracle rozpoczyna naukę w prestiżowej akademii dla talentów cyfrowych, gdzie spotyka wielu utalentowanych uczniów z wyjątkowymi marzeniami i ambicjami. Podczas nauki zmierzy się z licznymi wyzwaniami oraz koniecznością odnalezienia własnej tożsamości artystycznej. Seria prezentuje radosną atmosferę z elementami szkolnej przyjaźni i rywalizacji, stawiając bohaterkę przed pytaniem, co oznacza prawdziwa więź z innymi i jak ważna jest indywidualność w świecie cyfrowego show-biznesu.

