„Kobato.” to wzruszająca historia o życzliwej i szczerej Kobato Hanato, która ma jedno szczególne życzenie. Aby je spełnić, musi pomagać ludziom w ich trudnych chwilach. Za każde uleczone serce, jej butelka napełnia się słodkimi, drobnymi fragmentami. Gdy butelka się zapełni, jej marzenie stanie się rzeczywistością.
Podczas wykonywania swojej misji razem ze swoją maskotką, Ioryogi, spotyka różne osoby, które zmagają się z przeróżnymi problemami. Od dziecka walczącego z problemami rodzinnymi, przez nastolatkę zmagającą się z miłością, aż po wiele innych sytuacji. Naturalny uśmiech i otwartość Kobato są gotowe, by rozjaśnić ich dzień!