Kobato Hanato jest wesołą, ufną i nieco naiwną dziewczyną o tajemniczej przeszłości, która pewnego dnia pojawia się na Ziemi wraz ze swoim sympatycznym, lecz wyjątkowo krytycznym towarzyszem – pluszowym psem imieniem Ioryogi. Aby spełnić swoje wielkie marzenie, Kobato ma za zadanie zebranie pewnej ilości uzdrowionych ludzkich serc, które zamierza wyleczyć z trosk i smutku. Zadanie okazuje się znacznie trudniejsze, niż przypuszczała, ponieważ dziewczyna słabo orientuje się w ludzkim świecie oraz ludzkich uczuciach. Sytuacja komplikuje się jeszcze bardziej, kiedy Kobato rozpoczyna pomoc w przedszkolu napotykającym poważne finansowe i osobiste problemy osób nim zarządzających. Seria utrzymana jest w nastrojowym klimacie przepełnionym ciepłem, humorem i subtelnym dramatyzmem, opowiadając czułą historię o poszukiwaniu własnej drogi, sensu życia i prawdziwej naturze ludzkich uczuć.
