„Kono Oto Tomare! Part 2” to kontynuacja przygód członków Koto Klubu z Tokise High School. Mimo początkowych trudności i niezadowalających wyników, zespół zdeterminowany jest, aby poprawić swoje umiejętności i osiągnąć sukces w nadchodzących krajowych kwalifikacjach w zimie.
Dzięki pomocy ich doradcy, Suzuka Takinami, członkowie klubu stopniowo zdobywają wiedzę o dobrej muzyce i szlifują swoje umiejętności w grze na koto. Czeka ich jednak wiele wyzwań, zarówno ze strony innych szkół, jak i ze strony rodzących się miłosnych uczuć i maturzystów zmagających się z decyzjami o przyszłości. Pomimo tych przeciwności, nie zatraca się ducha walki i zapału do gry.