Akcja rozgrywa się w futurystycznym świecie, gdzie granica między człowiekiem a technologią praktycznie zanika. Major Motoko Kusanagi – dowódca elitarnej grupy Section 9 – prowadzi śledztwo w sprawie tajemniczego cyber-przestępstwa. Podczas badania serii dziwnych incydentów dotyczących ataków hakerskich na cybermózgi okazuje się, że za zagrożeniem może kryć się ktoś działający z wnętrza służb specjalnych. Major Kusanagi szybko odkrywa, że sprawa jest o wiele bardziej skomplikowana, niż przypuszczała, a jej misja nieuchronnie prowadzi ją do coraz głębszych tajemnic oraz moralnych dylematów. Utrzymany w poważnym, filozoficznym tonie, „Koukaku Kidoutai Arise: Ghost in the Shell – Border:2 Ghost Whispers” to mieszanka dynamicznych scen akcji oraz refleksji nad ludzką świadomością, tożsamością i implikacjami rozwoju technologicznego.
