W niedalekiej przyszłości, technologia cybernetyczna osiągnęła zaawansowany poziom rozwoju; ludzie zaczęli zastępować swoje ciała cybernetycznymi modyfikacjami, dążąc do nowych możliwości i siły. Fabuła skupia się na energicznej dziewczynie imieniem Nene Nanakorobi, która marzy o uczynieniu świata lepszym właśnie za pomocą takich modyfikacji. Niedługo po przybyciu na sztuczną, futurystyczną wyspę Cenancle, Nene spotyka tajemniczą Clarion—androidkę o zaawansowanych możliwościach bojowych. Kiedy nowe zagrożenia zaczynają zagrażać pokojowemu życiu mieszkańców Cenancle, Nene i Clarion zaczynają współpracować, używając swoich cybernetycznych zdolności do radzenia sobie z niebezpieczeństwami. „Koukaku no Pandora” to barwna mieszanka humoru, akcji oraz lekkiej fanserwisowej estetyki, opowiadająca historię przyjaźni, poświęcenia i odkrywania granic moralnych w stechnologizowanym świecie.

