„Appleseed” to anime osadzone po Trzeciej Wojnie Światowej, w miejscu znanym jako Olimp – eksperymentalne miasto, które miało być rajem na ziemi. Olimp jest zamieszkany przez ludzi, cyborgi oraz bioroidy, genetycznie zaprojektowane istoty o większych zdolnościach fizycznych i ograniczonych emocjonalnych. Bioroidy kontrolują wszystkie administracyjne funkcje miasta, ale nie dla wszystkich Olimp jest utopią. Policjant Calon Mautholos obwinia miasto o samobójstwo żony, uważa, że rygorystyczne zasady życia w Olimpie pozbawiają ludzi wolności. Współpracując z terrorystą A.J. Sebastianem, planuje zniszczyć rząd centralny, jednak odkrywa, że prawdziwym celem Sebastiana jest nienawiść do bioroidów. Na ich trop zostają wysłani Deunan Knute i jej partner Briareos z jednostki antyterrorystycznej ESWAT…