„Metropolis” to społeczno-polityczna dystopia, w której megalopolis pełne jest niesprawiedliwości i uprzedzeń, gdzie ludzie i roboty żyją obok siebie. Atmosfera niepokoju i przemocy narasta z każdym dniem. Śledczy Shunsaku Ban i jego siostrzeniec Kenichi przybywają do Metropolis, szukając doktora Laughtona, podejrzewanego o nielegalny handel organami.
Znajdują w labolatorium naukowca dziewczynę bez jakiejkolwiek pamięci o swoim przeszłym życiu. Kenichi postanawia jej pomóc, a jego wuj penetruje ciemne sekrety miasta w poszukiwanie Duke Reda, tajemniczego władcy Metropolis. Tymczasem Kenichi desperacko stara się chronić tajemniczą dziewczynę przed tymi, którzy jej polują. Jednak Duke Red i jego przybrany syn mają swoje powody, aby ścigać dziewczynę. Te powody są związane z jej prawdziwą tożsamością i walką o dominację nad Metropolis.