W erze kosmicznych kolonii ludzkość została podzielona na dwie frakcje: genetycznie zmodyfikowanych Coordinatorów z kolonii PLANT oraz Naturalnych z Ziemi. Konflikt ten szybko doprowadził do brutalnej wojny między Sojuszem Ziemskim a frakcją ZAFT. Historia koncentruje się na 16-letnim Kira Yamato, chłopcu, który przypadkiem trafia do środka konfliktu, gdy kolonia neutralnej Helipolis zostaje nagle zaatakowana przez siły ZAFT. Tam Kira trafia na nowoczesny mech bojowy typu Gundam – Strike, którym zmuszony jest pilotować w celu ochrony swoich przyjaciół. Stając przed dramatycznymi wyborami, Kira odkrywa, że jego przeciwnikiem jest przyjaciel z dzieciństwa, Athrun Zala. Mobile Suit Gundam SEED przedstawia złożone dylematy moralne, dramatyczne losy bohaterów i wstrząsającą rzeczywistość wojny, pełne emocjonalnych napięć oraz spektakularnych pojedynków mechów na tle kosmicznych bitew.
