W roku Kosmicznej Ery 73, między siłami ZAFT i Sojuszem Ziemskim trwa brutalny konflikt, pogłębiający chaos wojny i niebezpieczeństwa eksploracji kosmosu. Fabuła skupia się na losach dwojga protagonistów stojących po przeciwnych stronach barykady: Selene McGriff, naukowczyni zaangażowanej w projekt badawczy DSSD (Deep Space Survey and Development Organization), pracuje nad przełomowym mobilnym kombinezonem Stargazer, zaprojektowanym do badań dalekiego kosmosu; oraz Svena Cal Bayanga, młodego pilota oddziału specjalnego Phantom Pain, walczącego po stronie Sojuszu. W obliczu walk i odmiennych przekonań, bohaterowie muszą zmierzyć się z moralnymi wyzwaniami, których stawką są nie tylko osiągnięcia naukowe, ale także ludzkie życie. Całość utrzymana jest w poważnym, pełnym napięcia tonie, ukazując dramatyczne konsekwencje wojny oraz próby odnalezienia nadziei pośród mroku kosmicznej przestrzeni.
