Po tym, jak rutynowa misja obserwacyjna prowadzi Amuro Raya na niewielką, odległą wyspę, młody pilot odkrywa, że miejsce to kryje nieoczekiwane tajemnice przeszłości wojennej. Na wyspie Cucuruz Doana, dawnego żołnierza Zeonu, który porzucił front, by opiekować się grupą sierot, Amuro musi skonfrontować się nie tylko z nowymi wyzwaniami bojowymi, ale także z własnym podejściem do konfliktu wojennego oraz moralnością swoich działań. W samym sercu burzliwej wojny między Federacją Ziemską a Zeonem, losy bohaterów przecinają się na odległej wyspie, która z pozoru wydaje się spokojnym sanktuarium od przemocy, lecz szybko zostaje miejscem walki o przetrwanie oraz refleksji nad znaczeniem współczucia i człowieczeństwa. Seria utrzymana jest w poważnym, nostalgicznym tonie, podkreślającym dramat wojenny oraz psychologiczną głębię postaci.
