„Assault Lily: Bouquet” to historia o tajemniczych stworzeniach zwanym „Olbrzymami”, które pojawiły się na świecie 50 lat temu, zagrażając istnieniu ludzkości. Aby bronić się przed tym zagrożeniem, nastoletnie dziewczyny znane jako „Lilie” wykorzystują energię „Magie” w swoich ciałach, zasilając broń zwaną „CHARMS”. Po tym, jak została uratowana przez Lily dwa lata wcześniej, Riri Hitotsuyanagi postanawia stać się jedną z nich. Dołącza do prestiżowej akademii Yurigaoka i odkrywa, że jedną z jej koleżanek jest Yuyu Shirai – ta sama Lily, która ją uratowała. Pomimo początkowych trudności, Riri jest zdeterminowana, aby zdobyć przyjaźń Yuyu i staje u boku Lili na drodze do stania się jednym z nich. W jej podróży na pewno nie zabraknie emocji!