W odległej przyszłości, gdzie podróże między wymiarami stały się rzeczywistością, tajemnicza i odważna łowczyni Fandora wraz ze swoim lojalnym towarzyszem, Que, podróżują przez światy, stawiając czoła złowieszczym zagrożeniom. Uzbrojona w magiczny klejnot zdolny do zmiany kształtu oręża, dziewczyna podejmuje się ryzykownej misji ochrony równowagi wymiarów przed zakusami potężnego wroga, który pragnie przejąć władzę nad całą przestrzenią i czasem. Podczas swojej podróży Fandora odwiedza rozmaite, barwne światy pełne zachwycających widoków i niezwykłych istot. Jednak każde kolejne starcie coraz bardziej przybliża ją do granic sił. „Mujigen Hunter Fandora” to klasyczna anime akcji i fantasy, pełna wartkiej akcji, magicznych artefaktów oraz fascynujących koncepcji międzywymiarowych, okraszona atmosferą typową dla produkcji science-fiction lat 80.
