„Mushi-Uta” to anime osadzone w niedalekiej przyszłości. Dziesięć lat przed rozpoczęciem historii, pojawiają się dziwaczne, podobne do owadów istoty zwane „Mushi”. Są one w stanie pochłonąć sny i myśli ludzi w zamian za nadnaturalne moce. W pierwszym odcinku poznajemy protagonistę, Daisuke „Kakkou” Kusuriya, który spotyka młodą dziewczynę o imieniu Shiika Anmoto. Jednakże, Shiika jest zbiegiem z tajemnego więzienia GARDEN, gdzie przetrzymuje się osoby opętane przez Mushi, znane jako Mushitsuki. Organizacja wojskowa GARDEN wysyła swojego najlepszego zabójcę, aby ją odnaleźć, jednak napotyka na opór ze strony rebeliantów z Mushibane, prowadzonych przez tajemniczą „Ladybird”.