„Neo Angelique Abyss: Second Age” to kontynuacja pierwszego sezonu, gdzie Arcadia balansuje na krawędzi ruin w obliczu wzrostu liczby Thanatosów i zniknięcia Łowców Aube. Religijna Organizacja usilnie walczy, aby przeciwstawić się Thanatosom. Jakby tego było mało, dawniej uwielbiani Łowcy Aube obecnie ponoszą winę za pojawienie się Thanatosów. Niemniej jednak, nadal istnieje nadzieja na ponowne pojawienie się Jajka Królowej, które stanie się wybawieniem Arcadii. Wiele osób nie zdaje sobie jednak sprawy, że Łowcy Aube w tajemnicy czekają na przebudzenie Angelique, która tymczasem zasypia.