Współczesne Tokio kryje w swoich ulicach mroczne sekrety, o których większość mieszkańców nawet nie ma pojęcia. Pomiędzy światłem neonu a cieniem zaułków ukrywają się tajemnicze istoty, przynoszące grozę i chaos. Miasto regularnie nawiedzają paranormalne fenomeny, którym zwyczajni ludzie nie potrafią zapobiec. Jedynie grupa wyspecjalizowanych ninja obdarzonych niezwykłymi talentami oraz nadnaturalnymi zdolnościami jest w stanie chronić społeczeństwo przed tym, co ukrywa się w mroku. Każdy odcinek ukazuje osobną historię współczesnych wojowników shinobi starających się powstrzymać zagrożenia ze świata duchów. Nastrój serialu przepełniony jest atmosferą grozy, suspensu oraz nadchodzącego niebezpieczeństwa, przedstawiając widzowi wielowiekową walkę toczącą się poza zasięgiem wzroku zwykłych obywateli Tokio.
