„Ninja Mono” to anime osadzone w feudalnej Japonii, które opowiada historię dwóch wrogich klanów ninja: Byakuro i Kabusu. Pewnej nocy Kabusu próbują porwać niemowlęcą księżniczkę Byakuro, jednak ich plan zostaje pokrzyżowany przez jednego z wiernych ninja, który ratuje i wychowuje księżniczkę jako ninję. Po wielu latach, sześciu młodych uczniów ninja otrzymuje misję infiltracji zamku Byakuro, który jest teraz pod okupacją Kabusu. Ich celem jest odzyskanie świętego zwoju. Wszystko jednak komplikuje się, gdy na ich drodze stają członkowie Kabusu, którzy nie cofną się przed niczym, by ponownie porwać księżniczkę.