„Nintama Rantarou: Ninjutsu Gakuen to Nazo no Onna – Kore wa Jiken da yo! no Dan” to pełna niespodzianek opowieść o Rantarou i Fushikizou, którzy podczas wykonywania zadania natrafiają na tajemniczą kobietę ściganą przez ninja z Zamku Tasogaredoki. Kobieta okazuje się być przebranym liderem ninja z Zamku Dokutake, Hieta Happousai, co prowadzi do zaangażowania całej Akademii Ninjutsu w wydarzenia.