„Saint Luminous Jogakuin” to historia o Kaiheim, zwyczajnym licealiście, który niespodziewanie dowiaduje się, że jego zmarły dziadek przekazał mu stanowisko przewodniczącego w szkole dla dziewcząt, Liceum Misji Świętej Luminous. Kaihei, jako jedyny mężczyzna na terenie szkoły, jest teraz młodym przewodniczącym odpowiedzialnym za zasady, wydarzenia i kary w szkole. Po przybyciu na miejsce okazuje się, że jedna z uczennic zaginęła. Kaihei wraz ze swoimi najbliższimi przyjaciółmi postanawiają rozwikłać tę tajemnicę (bez angażowania policji), zanim nadejdzie dzień ukończenia szkoły.