„Saint October” to świat pełen fantazji i horroru, ukryty w cieniu miasta demonów. W tym mieście dochodzi do nieustających, tajemniczych incydentów, które nie mogą zostać rozwiązane przez naukę. Aby je rozwiązać, zbierają się trzy detektywistki posiadające specjalne zdolności.
Hayama Kotono to sierota mieszkająca w klasztorze. Shirafuji Natuski to koleżanka z klasy Kotono i popularna idolka. Hijiri Misaki to tajemnicza dziewczyna, która walczy z koszmarami z poprzedniego życia.
Stają one przed dylematem – ci, którzy chcą przynieść Światu Dnia Sądu i ci, którzy chcą go ocalić. Co jest sprawiedliwością, a co złem?
Kiedy Kotono spotyka chłopca, który stracił pamięć, koło historii zaczyna się powoli poruszać. Rozwiązując tajemnice, trzy dziewczyny będą musiały stawić czoła losowi, który wpłynie na istnienie całej ludzkości.