„Seikai no Senki III” to kontynuacja zmagania Jinto i Lafiel. Trafiają oni na lekko uzbrojony statek transportowy „Bokbrusue”, przemierzając przestrzeń Hyde System. Jinto ma sprawować władzę w tym regionie, który powrócił pod rządy Imperium po wycofaniu się Unii. Niemniej jednak, rząd rodzinnego dla Jinto Martina uparcie stawia opór. Z drugiej strony, „Daiichi Jyuurin Sentai”, flota stworzona z nowego typu „Statków Atakujących”, zmierza do Hyde System… Co ich tam czeka?