„Seikimatsu Occult Gakuin” to tajemnicza historia Maya – córki byłego dyrektora Akademii Waldstein oraz Fumiaki Uchidy, agenta podróżującego w czasie. W świecie 2012 roku ziemię atakują obcy, a podróżnicy w czasie wracają do roku 1999, aby znaleźć i zniszczyć Klucz Nostradamusa, który według proroctwa Nostradamusa sprowadzi apokalipsę. Maya powraca do Akademii z zamiarem jej zniszczenia, ale jej plany zostają przerwane, gdy poznaje Fumiakiego i dowiaduje się o zbliżającym się zagrożeniu. Pomimo nieufności, tworzą pakt i wspólnie poszukują Klucza Nostradamusa, korzystając z specjalnie stworzonych telefonów komórkowych, które pomagają im w śledzeniu tajemniczych zjawisk w mieście.