„Simoun” to anime osadzone w spokojnej teokracji Simulicram, gdzie każda osoba rodzi się jako kobieta. W wieku 17 lat, każda z nich przechodzi specjalną ceremonię, podczas której decyduje o swojej płci. Jednak tylko pary młodych kapłanek mogą synchronizować się ze starożytnymi latającymi statkami zwanymi Simoun, które są potrzebne do obrony Simulicram. Aer zostaje rekrutowana jako pilotka Simoun po przerażającym ataku wroga, który zdziesiątkował eskadrę znaną jako Chor Tempest. Aby zdobyć swoje skrzydła, musi odnaleźć drogę do serca Neviril, Reginy Chor Tempest. Jednak serce Neviril nadal należy do jej poprzedniej pary, która zginęła na polu bitwy.