Kirito budzi się w tajemniczym wirtualnym świecie nazywanym Underworld, skonstruowanym do celów eksperymentalnych z użyciem najnowocześniejszej technologii sztucznej inteligencji. Pozbawiony jasnych wspomnień, musi odnaleźć się w nowej rzeczywistości oraz zrozumieć naturę i cel swojej misji. Tymczasem w rzeczywistym świecie toczy się zacięta walka o władzę nad źródłem technologii umożliwiającej istnienie Underworldu. Kirito oraz jego nowa towarzyszka, Alice, będą musieli stawić czoła potężnym przeciwnikom, którzy zagrażają życiu mieszkańców cyfrowego świata. „Sword Art Online: Alicization – War of Underworld Reflection” przedstawia podsumowanie dotychczasowych wydarzeń poprzedzających nadchodzący konflikt i wprowadza widza w mroczniejszą, wojenną atmosferę kolejnego etapu historii. Seria podejmuje tematy przyjaźni, lojalności oraz granicy między sztuczną a naturalną świadomością, utrzymując dynamiczny, emocjonalny charakter narracji.


