„The Samurai” to historia Takeshiego Chimatsuri, szesnastolatka i licealisty, który całe swoje życie poświęcił na bycie mistrzem samurajem, podobnie jak jego ojciec. Pewnego dnia do jego szkoły przenoszą się siostry bliźniaczki Toki, ninja znane mu od dzieciństwa, które rzucają mu wyzwanie o odzyskanie rodowego sztyletu. Niestety dla Takeshiego, odkryły one jego słabość: strach przed nagim żeńskim ciałem. Teraz musi poddać się specjalnemu treningowi prowadzonemu przez jego kolegów z klasy, Atsuko i Torai, oraz jego nauczycielkę panią Ayatsugi, aby oprzeć się połączonej siłę Akari i pokusie jej seksoholistycznej siostry Kagiri. Lekcje nigdy nie będą takie same z tymi trzema nieustannie walczącymi ze sobą.