W samym sercu Watykanu działa szczególny wydział zajmujący się badaniem prawdziwości rzekomych cudów na całym świecie. Dwóch niezwykłych specjalistów, genialny naukowiec Joseph Kou Hiraga i ekspert w dziedzinie kryptografii i lingwistyki Roberto Nicholas, wyruszają, by zbadać tajemnicze wydarzenia doniesione Kościołowi. W trakcie swoich śledztw spotykają się z nadprzyrodzonymi zjawiskami, niewyjaśnionymi zagadkami i mrocznymi sekretami ukrytymi zarówno wewnątrz, jak i poza murami Kościoła. Próbując oddzielić boskie cuda od ludzkich mistyfikacji, bohaterowie konfrontują się z siłami, które stawiają na próbę ich wiarę, racjonalność i moralność. Przepełniony mrocznym suspensem, tajemnicami i religijną symboliką, „Vatican Kiseki Chousakan” oferuje nietypowy wgląd w realia Kościoła katolickiego i granicę między cudem a kłamstwem.

