W spokojnym świecie Windarii leżą dwa królestwa, Isa i Paro, oddzielone rzeką, która od lat zapewniała im pokój i dobrobyt. Jednak z powodu narastającego konfliktu na tle politycznym oraz rosnących ambicji władców, delikatny sojusz zaczyna się rozpadać. W samym środku tej sytuacji pojawia się odważny młody chłopak o imieniu Izu, którego skromne życie jako farmera zostaje gwałtownie zmienione, gdy wojna niespodziewanie wkracza do jego świata.
Rozdarty między lojalnością wobec swego ludu a miłością do ukochanej Marin, Izu musi dokonać bolesnych wyborów, które mogą zaważyć na losach obu królestw. „Windaria” ukazuje niezwykłą opowieść o miłości, wojnie i tragedii, łącząc piękne wizualne pejzaże fantasy z dramatycznym konfliktem moralnym. Całość utrzymana jest w melancholijnym tonie baśniowej narracji przypominającej klasyczne legendy.
