Mijając czternaście lat od dramatycznych wydarzeń z poprzedniej części, młody pilot Shinji Ikari budzi się w świecie, który już nie przypomina tego, co znał. Ziemię pokrywają ruiny, a konflikt między organizacją Nerv a tajemniczą grupą Wille osiąga apokaliptyczne rozmiary. Zagubiony, obarczony poczuciem winy Shinji próbuje zrozumieć całkowicie zmienioną rzeczywistość oraz konsekwencje własnych decyzji. Spotkanie z dawnymi sojusznikami rodzi jedynie więcej pytań i wątpliwości.
W klimacie rozpaczy, izolacji oraz niepewności chłopak będzie musiał stawić czoła dramatycznej prawdzie na temat rzeczywistości, eskortowany w swoich poczynaniach przez enigmatycznego Kaworu Nagisę. Pełen refleksji i filozoficznych rozważań, film prowadzi widza przez emocjonalną podróż pełną tajemnic, egzystencjalnego niepokoju i spektakularnych potyczek mechów, w których ważą się losy świata i przyszłość ludzkości.
