Rune Balot to młoda, zagubiona dziewczyna żyjąca w ponurym i niebezpiecznym Mardock City, gdzie przestępczość to codzienność. Po tragicznym zwrocie wydarzeń, kiedy tajemniczy menadżer kasyna o imieniu Shell ratuje ją z ulicy i oferuje nowe życie, Balot szybko odkrywa, że nie wszystko jest takim, jakim się wydaje. Jej ciekawość wobec przeszłości Shella kończy się tragedią — próbuje ją zabić, próbując zatrzeć ślady. Dzięki nowatorskiemu prawu „Scramble 09”, Balot otrzymuje drugą szansę – jej ciało zostaje odtworzone dzięki zaawansowanej technologii, czyniąc ją kimś zupełnie nowym.
Seria przedstawia brutalną walkę o przetrwanie i szukanie sprawiedliwości w skorumpowanym, cyberpunkowym świecie. Poruszając wątki zemsty, tożsamości oraz moralnych dylematów związanych z nową technologią i życiem po śmierci, „Mardock Scramble: The First Compression” to mroczna opowieść o odwadze i desperacji jednostki, która mimo wszystko próbuje odnaleźć własną drogę w bezlitosnym świecie.
