Drugi sezon „Pokemon Best Wishes!” kontynuuje przygody Satoshiego, Iris i Denta w regionie Isshu. Po zdobyciu ósmej odznaki w Tachiwaki City, bohaterowie zostają zaproszeni przez Shirona do jej willi na wschodzie Isshu. Tam spotykają starą przyjaciółkę Hikari i biorą udział w prestiżowym Pokémon World Tournament Junior Cup – turnieju, który wymaga od trenerów maksimum umiejętności i determinacji. Satoshi przygotowuje się także do udziału w Lidze Isshu, marząc o zostaniu mistrzem Pokémon. Tymczasem Team Rocket przygotowuje się do realizacji swojego ostatecznego planu, związanego z tajemniczym legendarnym Pokémonem Meloetta. Na bohaterów czeka wiele nowych wyzwań, rywalizacji oraz spotkań z dawnymi znajomymi. Serial utrzymany jest w przygodowym, dynamicznym i ciepłym tonie, podkreślając wartość przyjaźni oraz ducha zdrowej rywalizacji.
