Historia rozgrywa się w mrocznej metropolii, skrywającej mrożące krew w żyłach sekrety. Jin Kanzaki wydaje się zwykłym młodym człowiekiem, lecz w rzeczywistości jest owocem tajemniczych eksperymentów, obdarzonym nadludzkimi mocami. W świecie opanowywanym coraz mocniej przez monstra zwane „Players”, Jin staje przed wyzwaniem pogodzenia swojej wewnętrznej tożsamości z obowiązkiem ochrony zwykłych ludzi.
Równolegle Kouga Amagi, syn wpływowego biznesmena, decyduje się obrać drogę samozwańczego bohatera sprawiedliwości. Mimo odmiennych podejść, losy obu młodzieńców przeplatają się w dramatycznej konfrontacji z przeszłością, zdradą i moralnymi dylematami.
„Zetman” przedstawia walkę jednostek próbujących odnaleźć swoje miejsce pomiędzy bohaterstwem a własną naturą, w brutalnym świecie pełnym niebezpieczeństw, korupcji i ukrytych spisków. Anime utrzymane jest w poważnym, dość mrocznym klimacie, pełnym akcji oraz refleksji nad naturą człowieczeństwa.
