„Comet Lucifer” zabiera nas do świata Gift, w którym ukryta w głąb ziemi krystaliczna substancja zwana Giftium jest bardzo poszukiwana. Młody chłopiec o imieniu Sougo Amagi odziedziczył zainteresowanie Giftium po swojej matce, badaczce. Jako mieszkaniec małego i prężnie rozwijającego się górniczego miasta Garden Indigo ma wiele okazji do zbierania rzadkich kryształów. Najbardziej fascynującym skarbem, jaki odkrywa Sougo, jest jednak nie kryształ, ale osoba. Po wciągnięciu go do szkolnej kłótni, wpada w głębokie jaskinie starej kopalni, gdzie z wielkiego kryształu wyłania się Felia – tajemnicza dziewczyna z czerwonymi oczami i niebieskimi włosami. Ich spotkanie daje początek niezwykłej przyjaźni. Jednak tajna organizacja podąża za Felią, planując wykorzystać jej moc dla własnych korzyści, a Sougo i jego przyjaciele muszą jej pomóc, odkrywając prawdziwą naturę tej dziewczyny z kryształu.