„009 Re:Cyborg” to historia o dziewięciu zwykłych ludziach z różnych części świata, którzy zostają porwani i przemienieni w cyborgi o niesamowitych mocach, aby służyć jako broń. Cyborgi buntują się i zaczynają walczyć przeciwko swoim twórcom w imię sprawiedliwości i pokoju na świecie. Po wielu latach wydają się nie dotknięci czasem, jednak żyją w świecie, gdzie „sprawiedliwość” ma tyle odcieni, ilu jest mieszkańców planety. Jakie jest teraz ich miejsce na Ziemi? Pierwotna misja 009 Re:Cyborg przeplata się z biblijnymi odniesieniami, co dodaje głębi fabule.