„1000-nen Joou: Queen Millennia” to anime, które przedstawia Ziemię w krytycznej sytuacji w roku 1999. Planeta Lar Metal zbliża się do naszej planety, a Yukino Yayoi – nauczycielka gimnazjalna i pasjonatka astronomii, dowiaduje się o tym od dr Amamoriego z Tokijskiego Obserwatorium. Okazuje się, że Yayoi to Królowa Tysiąclecia, która przyleciała z Lar Metal 1000 lat temu i od tego czasu obserwowała ludzi. Kiedy na Ziemię zaczynają spadać meteory, a ludzkość pogrąża się w panice, Yayoi wraz z Hajime, jednym ze swoich uczniów, udają się do wielkiej jaskini pod ziemią.