Od czasu utraty swojej siostry siedem lat temu, Kakeru Satsuki żyje w odosobnieniu, odnajdując ukojenie jedynie w wsparciu swojego przyjaciółki z dzieciństwa, Yuki Minase. Jednak pewnego dnia rzeczywistość ulega dramatycznej przemianie – niebo staje się krwawoczerwone, księżyc nabiera czerni, a ulice opanowują przerażające stworzenia. Ten zmieniony świat nazwano „Czerwoną Nocą”. Kakeru, Yuka oraz czworo innych młodych ludzi dysponujących unikalnymi nadprzyrodzonymi zdolnościami jednoczy siły, by przetrwać i stawić czoło zagadkowym istotom zwanym Czarnymi Rycerzami, które pragną ich śmierci. W miarę rozwoju zdarzeń odkrywają dziewczynę uwięzioną w czerwonym krysztale – Lisette, która błaga o ratunek. Grupa próbując rozszyfrować tajemnice Czerwonej Nocy i swoją rolę w tej zagadkowej rzeczywistości, jednocześnie zmierzy się ze swoją przeszłością i niepokojącymi sekretami, które łączą ich ze sobą w nieznany sposób.

„11eyes” łączy w sobie elementy akcji, tajemnicy i dramatu psychologicznego, przedstawiając historię walki o przeżycie, odkupienie i odkrycie prawdy ukrytej za zasłoną mroku.