„3×3 Eyes: Seima Densetsu” to kręcona na przestrzeni 4 lat historia Yakumo, który, podążając za tajemniczym zniknięciem Pai, ostatecznie ją odnajduje. Niestety, wszystko nie jest tak, jak powinno – Pai wydaje się stracić pamięć. Przyjaciele postanawiają przywrócić jej wspomnienia, udając się do Świętej Ziemi, miejsca narodzin nieśmiertelnej rasy Sanjian. Wracają tam, aby stawić czoła zagadkowym wydarzeniom i odzyskać utracone wspomnienia Pai.