„Aa! Megami-sama! Film” jest opowieścią o bogu Celestinie, który przez wieki został uwięziony na Księżycu za zdradę królestwa Yggdrasil. Dzięki wypuszczeniu go przez wróżkę Morgana Le Fey, Celestin podróżuje na Ziemię, aby spotkać się ze swoją dawną uczennicą, boginią Belldandy. Sytuacja komplikuje się, gdy Celestin usuwa wspomnienia Belldandy o jej chłopaku, Keiichim, i wykorzystuje ją jako katalizator do siejenia chaosu na Ziemi i w Yggdrasil.